¡ A LA FINAL FOUR POR PRIMERA VEZ ¡
El Unicaja, después de proclamarse campeón de la Liga en la temporada anterior, comenzó esta campaña 2006-2007 con muchos cambios en su plantilla en los que destacaron los fichajes de Jiri Welsch que volvía de la NBA después de cuatro temporadas, Erazem Lorbek, una de las promesas del baloncesto europeo, y los nacionales, Carlos Jiménez, el capitán de la Selección Española campeona del mundo, e Iñaki de Miguel.
Todas estas novedades vinieron a unirse a la continuidad de Kostas Vasileiadis, que ya había disputado los play-off de la temporada anterior, Daniel Santiago, Pepe Sánchez, Florent Pietrus, o Marcus Brown, además, por supuesto, de los dos jugadores insignia del Club, los malagueños Berni Rodríguez y Carlos Cabezas que también habían ganado la medalla de oro con la Selección en el Campeonato del Mundo disputado en Japón. Todos ellos siguieron bajo la dirección técnica de Sergio Scariolo que comenzaba así su cuarta temporada al frente del Unicaja.
Marcus Brown sufrió una osteopatía de pubis desde la pretemporada que le hizo perderse la parte inicial de la campaña y Erazem Lorbek no terminó de adaptarse por lo que a principios de enero fue cedido al Benetton de Treviso Tras la marcha de Lorbek, llegó Marko Tusek, un ala-pívot esloveno. Poco antes, y para suplir la baja de Marcus Brown que se alargó en el tiempo, se fichó a Marcus Faison. En la parte final de la temporada, para afrontar los play-off ACB tras la baja de Daniel Santiago por problemas oculares, se incorporó al pívot senegalés con nacionalidad alemana, Boniface Ndong.
Tras un inicio irregular de la temporada, marcado sobre todo por las lesiones, conforme se fue desarrollando la competición, tanto en Liga ACB como en la Euroliga, el equipo fue mejorando.
El mayor éxito de esta temporada llegó en la Euroliga, donde se alcanzó un hito histórico al conseguir la clasificación para la Final Four, que se disputó en Atenas, y concluir la competición en tercera posición.
En la primera fase, el Unicaja quedó encuadrado en un duro grupo junto a varios campeones de Europa de ediciones anteriores, como el Maccabi de Tel-Aviv o el Panathinaikos, lo que, tras una buena actuación en los catorce partidos de la fase regular, no le impidió asegurarse la clasificación para la siguiente fase donde también se desenvolvió con soltura para conseguir la primera plaza del grupo y hacerse con el factor cancha en la siguiente etapa: el play-off de cuartos de final, la antesala de la deseada por todos Final Four. Enfrente, el equipo malagueño se encontró a uno de sus eternos rivales, el Winterthur F.C. Barcelona al que nunca había logrado derrotar en un play-off pero, una vez más, el equipo de Sergio Scariolo rompió una estadística desfavorable, y en una victoria en el épico tercer partido disputado en el Martín Carpena, con una afición totalmente volcada, logró el pasaporte a la gloria del baloncesto europeo.
La Final de la máxima competición europea reunió en Atenas durante el primer fin de semana de mayo a los cuatro equipos que se habían ganado ese derecho durante las distintas fases de la competición: el Panathinaikos, el CSKA de Moscú, el Tau Cerámica y el Unicaja.
Una vez en la capital griega, los problemas físicos de algunos jugadores (baja de Daniel Santiago por problemas oculares y muchos tocados) no dejó competir al equipo al máximo nivel, aunque, en contra de todos los pronósticos, logró plantar cara al campeón de la edición anterior, el CSKA de Moscú, que tuvo que sufrir para derrotar al equipo de Málaga. En el encuentro por el tercer y cuarto puesto, el Unicaja volvió a dar lo mejor de sí mismo y derrotó al Tau Cerámica consiguiendo así ser el tercer mejor equipo de Europa y un puesto entre los tres cabezas de serie del sorteo de la competición para la próxima temporada.
El desgaste en Europa y las numerosas lesiones impidió al equipo rendir a un gran nivel en las competiciones nacionales.
La Copa del Rey, que se disputó en Málaga por segunda vez emparejó al Unicaja en la primera ronda con el Winterthur F.C. Barcelona, a la postre campeón del torneo, ante el que cayó en cuartos de final.
En Liga ACB, el equipo consiguió clasificarse para el play-off ACB como octavo, lo que le emparejó con el líder de la fase regular, el Tau Cerámica. El cansancio de toda la temporada y las bajas por lesión hicieron que esta serie se resolviera por la vía rápida a favor del Tau que se encontraba en su mejor estado de forma.
De esta manera, el Unicaja cerró una temporada histórica en Europa y más discreta en ACB, aunque manteniendo la línea de los últimos años en los que se ha ido superando a sí mismo temporada a temporada, tras ganar la Copa del Rey (2005), la Liga ACB (2006) y participar en la Final Four (2007), un hito equiparable a un título.